Аннотация

Видовая идентификация свежего плодово-ягодного сырья занимает важное место в контроле качества готовых продуктов. В статье представлены результаты исследований, направленных на разработку метода видовой идентификации плодово-ягодного сырья с применением молекулярно-генетического анализа на примере: Ribes uva-crispa (крыжовник обыкновенный, сорт Кооператор), Rosa majalis Herrm (шиповник майский), Prunus fruticose (вишня степная, сорт Алтайская ласточка), Actinidia deliciosa (киви деликатесный). С использованием различных программных пакетов, а также базы данных GenBank NCBI для каждого из исследуемых объектов плодово-ягодного сырья на уровне родовой дифференциации удалось найти подходящий участок ДНК для дальнейшей разработки на его основе универсальных праймеров - участок 18S рДНК. Создана единая матрица выравнивания для каждого из исследуемых объектов плодово-ягодного сырья с помощью программы GeneDoc, проведена повторная проверка каждой матрицы на предмет наличия ошибок чтения или прочих спорных однонуклеотидных замен. Авторами проведен алгоритмический анализ последовательностей и поиск оптимальных позиций посадки праймеров с помощью программы PrimerQuest с указанием в настройках максимального размера ампликона, читаемого парой праймеров, не превышающего 300 п.н. Определены оптимальные параметры процесса амплификации: объем праймеров 0,5 мкл, режим амплификации: 95 ºС, 60 с; 62 ºС, 45 с; 72 ºС, 30 с; 30 циклов. Выбранный режим амплификации подтвержден результатами проведения ПЦР со всеми образцами плодово-ягодного сырья с визуализацией в виде электрофореграммы в 1%-ном агарозном геле. Проведена дополнительная проверка специфичности праймеров с помощью алгоритма BLAST. Установлено, что все отсеквенированные последовательности фрагментов, читаемых каждой из пар разработанных праймеров, полностью совпали с депонированными в GenBank последовательностями исследуемого вида сырья.

Ключевые слова

Плодово-ягодное сырье, видовая идентификация, растительное сырье, молекулярно-генетический анализ, секвенирование плодово-ягодного сырья

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1. Урбанович, О.Ю. Молекулярные методы в селекции яблони на устойчивость к красногалловой яблони / О.Ю. Урбанович, З.А. Козловская, А.А. Хацкевич, Н.А. Картель // Сельскохозяйственная биология. - 2013. - № 5. - С. 54-60.
2. Малышев, С.В. Идентификация и паспортизация сортов сельскохозяйственных культур (мягкой пшеницы, картофеля, томата, льна и свеклы) на основе ДНК-маркеров: методические рекомендации / С.В. Малышев, О.Ю. Урбанович, Н.А. Картель. - Минск, 2006. - 28 с.
3. Galkin, A.Yu. Development of quality control methods and analysis of herbal preparation for treatment and prevention of alopecia/ A. Yu. Galk, A.G. Kotov // Украинский журнал лабораторной медицины. 2011. - Vol. 6. - No 2. - P. 115-119.
4. Negi, M.S. Length and sequence heterogeneity in 5S rDNA of Populus deltoides / M.S. Negi, J. Rajagopal, N. Chauhan et al. // Genome. - 2002. - Vol. 45. - No. 6. - Р. 1181-1188.
5. Методы ДНК-технологии для идентификации растительного сырья в молочных продуктах / А.Ю. Просеков, О.В. Мудрикова, А.В. Булавина, А.Н. Архипов // Молочная промышленность. - 2011. - № 12. - С. 62-63.
6. Lisitsyn, A. Research of methods of identification and quantitative content of prion protein in blood of animals and man / A. Lisitsyn, A. Prosekov, O. Kriger // Research Journal of Pharmaceutical, Biological and Chemical Sciences. - 2016. - Vol. 7. - No. 2. - P. 1723-1728.
7. Lees M. (eds.) Food Authenticity and Traceability. CRC Press: Cambridge U.K. - 2003. - 612 р.
8. Конструирование родоспецифичных и видоспецифичных праймеров для индикации и идентификации Lactobacillus bulgaricus / К.В. Беспоместных, О.О. Бабич, Е.В. Короткая, А.Ю. Просеков // Техника и технология пищевых производств. - 2010. - Т. 16. - № 1. - С. 64-68.
9. ПЦР «в реальном времени» / Д.В. Ребриков, Г.А. Саматов, Д.Ю. Трофимов [и др.]; под ред. Д.В. Ребрикова.- М.: БИНОМ. Лаборатория знаний, 2009.- 215 с.
10. PCR Protocol Optimization for Genetic Diversity Assessment and Molecular. Characterization of Sour Cherry Cultivars / I.V. Berindean, E. Cardei, G. Roman, M. Sturzeanu, D. Pamfil // Bulletin UASVM Horticulture. - 2012. - Vol. 69. - No. 1. - P. 71-80.
11. Юдин, М.С. Исследование методов Полимеразной цепной реакции для определения сырьевых компонентов в готовых продуктах / М.С. Юдин, К.Ю. Зубарева // Международный журнал экспериментального образования. - 2010. - № 8. - С. 77-79.
12. Боронникова, С.В. Молекулярно-генетическая идентификация и паспортизация редкого вида растений Пермского края Adenophora Lilifolia (L.) А. DC. / С.В. Боронникова, Ю.С. Нечаева // Вестник Пермского университета. Серия: биология. - 2012. - Вып. 1. - С. 41-44.
13. Prosekov, A.Yu. Theory and practice of prion protein analysis in food products / A.Yu. Prosekov // Foods and Raw Materials. - 2014. - Vol. 2. - No. 2. - P. 106-120.
14. Просеков, А.Ю. Современные методы исследования сырья и биотехнологической продукции / А.Ю. Просеков, О.О. Бабич, С.А. Сухих. - Кемерово, 2013. - 183 с.
15. Moskvina, N.A. Primenenie metoda polimeraznoj cepnoj reakcii dlya vidovoj identifikacii produktov pererabotki rastitel'nogo syr'ya / N.A. Moskvina, Yu.V. Golubcova, O.V. Kriger // Tekhnika i tekhnologiya pishchevyh proizvodstv. - 2014. - No. 2. - P. 126-129.
16. Бадаева, Е.Д. Структура генома и хромосомный анализ растений / Е.Д. Бадаева, Е.А. Салина // Вавиловский журнал генетики и селекции. - 2013. - № 4-2. - С. 1017-1043.
17. Cравнительный анализ первичной структуры гена 18s рРНК представителей разных экобиоморф рода Veronica l. (Scrophulariaceae) / В.А. Пантюхина, Д.В. Новиков, Н.П. Савиных, В.В. Новиков // Вестник Нижегородского университета им. Н.И. Лобачевского. - 2012. - № 2-3. - С. 169-173.